保护区于1997年经江西省人民政府批建为省级自然保护区,归属南昌市管理,后经过5年科考和3年申报,于2008年1月由国务院批准为国家级自然保护区,并更名为“鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区”。
行政上隶属南昌市新建县南矶乡,距南昌市城区约60公里。保护区东至太子河入东湖口、西至赣江中支下游,北至三山脚,南至矶山以南凤尾湖,东西宽21.6公里,南北宽27.7公里,范围基本与南矶乡行政边界一致。保护区是江西省面积较大的河口类型国家级保护区,紧邻省会南昌。地理坐标在东经116°10′~116°25′,北纬28°51′~29°08′之间。东界以10个拐点的连线为界,拐点的坐标分别为(116°18′57″E,29°06′52″N);南界沿余干县县界向西南至拐点(116°17′50″E,28°51′59″N);西界以(116°17′50″E,28°51′59″N)为起点,沿南昌县县界向北至大车荒,再经16个拐点至北界起点(116°09′51″E,29°06′11″N),拐点的坐标分别为(116°16′10″E,28°56′16″N);北界以9个拐点的连线为界,拐点的坐标分别为(116°10′22″E,29°07′8″N)。
南矶自然保护区在第四纪以来的地质构造运动(新构造运动)中处于中心沉降区,因此它也是不断发育的各古河流水系的汇聚中心。南矶自然保护区具有“二元结构”的冲积—冲洪积相网纹红土、砂砾石堆积,构成了厚达30~75m的沉积地层。在更新世沉积地层或白垩系紫红色粉砂岩基岩上,全新世沉积由下而上,颗粒变细,下部为砾卵石、砂砾石、砂(含砾)组成的粗碎屑,层面清晰,磨圆度和分选性较好,上部则主要由亚粘土、亚砂土等夹不稳定淤泥质薄层组成的细碎屑。
上海花千坊南矶自然保护区内河道数目众多,大小河道有50条左右,河道长短不一,形态各异,而且由于冲淤作用还使得河道形态处于进一步的发育和变化之中。最长河道达22.57km,最短也有1.08km,河道总长度为123.53km。
上海花千坊鄱阳湖区属亚热带暖湿季风区,一年内冬季和东南季风进退交换和西太平洋副热带高压南北振动,对鄱阳湖流域的天气变化和气候形成产生重大影响,决定了气候的周期性变化。一般冬季极地大陆冷气团向南流动,由于南移的路径不同,或西北路,或西路南下影响鄱阳湖区,形成每年3~4次的寒潮天气,使湖区寒冷少雨,或出现雨雪天气。
上海花千坊该保护区总面积33300公顷,其中核心区面积17500公顷,缓冲区面积5500公顷,实验区面积10300公顷。
上海花千坊鄱阳湖南矶自然保护区植物物种丰富,区系成分复杂,类型多样,显示具有明显的南北植物汇合的过渡性质。湿地植物虽具有地带性“烙印”,但隐域性特征明显。据统计,保护区共有维管束植物115科304属443种,其中蕨类植物11科11属12种,裸子植物5科10属11种,被子植物99科283属420种。蓼科(Polygonaceae 16种)、蔷薇科(Rosaceae 17种)、豆科(Leghminosae 23种)、菊科(Composifae 31种)、禾本科(Graminae 24种)、莎草科(Cyperaceae 22种)等6科在本区具有明显优势,占有主导地位,对本区植被的构成、动态和区系组成具有重要作用。研究区中的苔草群落Cares spp. Comm.、芦苇群落Phragmites australis Comm.、眼子菜群落Potamogeton spp. Comm.、蓼群落Polygonum spp. Comm.、针蔺群落Eleocharis spp. Comm.等世界广布种是该区域的主要建群种。中国特有属在本区内仅有3个栽培植物属,即:水杉属Metasequoia、枳属Poncirus、南天竹属Nandina。自然分布植物中无中国特有植物属,此与湿地植被的典型隐域性质有关。
上海花千坊2003-2004年保护区综合科学考察统计到浮游动物62属111种,底栖动物8科62种,水生昆虫11目40科168种,鱼类6目14科43属58种,其中江湖洄游型鱼类占40%,两栖动物1目5科11种,爬行动物3目10科23种,哺乳动物7目12科22种。特别地,南矶保护区是具有科研、保护与观赏价值的湿地生态系统和湿地鸟类保护区,区内鸟类种类多,数量大,目前记录到15目45科205种,有鸊鷉目2种,鹈形目1种,鹳形目17种,雁形目25种,隼形目10种,鸡形目2种,鹤形目12种,鸻形目25种,鸥形目7种,鸽形目3种,鹃形目6种,鸮形目5种,佛法僧目6种,鴷形目2种,雀形目82种。其中,湿地水鸟共7目89种,占中国水鸟种类的35.6%。保护区内不同季节里鸟类种类组成差异显著,冬季鸟类142种,春季鸟类120种,夏季鸟类58种,秋季鸟类64种。
上海花千坊由于地处赣江、鄱阳湖和长江的关键节点,保护区具有良好的通江性,不仅是鲤、鲫等经济鱼类的重要产卵和育肥场所,也是长江中下游地区青、草、鲢、鳙、鳗鲡、刀鲚、凤尾鱼等洄游型鱼类的主要洄游通道甚至是避难所,对于鄱阳湖、赣江和长江渔业资源保护与可持续利用具有重要意义。保护区典型的入湖口湿地生态系统,是河口自然地理、水文和生态环境监测等学科的天然研究基地,是研究内陆河口湿地生态系统的场所。